Manuset till den tredje filmen skrivs just nu och David "Mulder" Duchovny berättar för den franska sidan TVMag att projektet dock inte fått klartecken från filmbolaget 20th Century Fox. Anledningen är att den film som gavs ut 2008 inte spelade in de pengar som man ville, men Duchovny skyller på att manuset inte var det som fansen väntat sig och att det var fel att premiären var på sommaren.
Den tredje filmen kommer i stället att fokusera på hur TV-serien slutade där man konstaterade att världen skulle gå under 2012, vilket också skulle bli ett utmärkt år att ge ut filmen.