År 1939 tar William Franklin tjänsten som lärare på St. Judes, en uppfostringsanstalt för pojkar i kyrkans regi, som styrs med järnhand av den sadistiske Brother John. Franklin märker snart att de flesta eleverna är analfabeter och att prästerna misshandlar och förnedrar dem systematiskt. Att ifrågasätta skolan får dock värre konsekvenser än han kunnat ana. Bygger på en sann historia.