Filmen, regisserad av Luca Guadagnino (känd för "Call Me by Your Name"), skildrar en passionerad kärlekshistoria mellan två amerikanska män i 1950-talets Mexiko.
Bara timmar innan festivalens premiärvisning meddelade stadens guvernör att "Queer" förbjöds med hänvisning till "provokativt innehåll som kunde störa samhällsfriden."
Enligt The Advocate kritiserade Mubi Turkey, filmens distributör, starkt beslutet och kallade det ett angrepp på konsten och yttrandefriheten.
"Festivaler är andrum där konst och kulturell mångfald firas och för människor samman. Detta förbud tar inte bara bort en film utan raderar hela festivalens mening och syfte", skrev distributören i ett uttalande och lovade att fortsätta kämpa för konstnärlig frihet.
Daniel Craig och Drew Starkey spelar huvudrollerna i den omtalade filmen, som har svensk premiär den 27 november.